背景技术：
1、本文描述的一些实施例涉及用于分析含有用于基因递送的颗粒的样品的方法和系统。一些实施例包括用于量化和/或预测样品中病毒载体中的核酸(na)内含物的量的方法和系统。
2、基因递送系统(如病毒载体和脂质纳米颗粒)通常用于将靶基因递送至生物系统进行研究和/或治疗。例如，腺相关病毒(aav)在旨在解决人类疾病的基因疗法中经常被用作病毒载体。目前，全球存在超过200项研究正在进行1-3期临床试验，旨在使用利用aav的基因疗法治疗各种病况。当用作基因递送系统时，aav可包括长度可达5kb的质粒dna；感兴趣基因(goi)可以插入质粒dna中。用于基因递送的aav的生产包括对细胞的三重转染的复杂过程。三重转染过程旨在并入核酸(na)的三个片段，即：复制(rep)、衣壳(cap)和goi，以生产功能性aav颗粒。在三重转染的三个步骤中的任一步骤处对aav的一部分的部分转染可导致aav颗粒的异质性，其特征在于aav颗粒的“满/空”状态。换句话说，aav可以作为异质群体存在，得到例如70％满(包括所需质粒na)和30％空(缺少所需质粒na)的最终样品。当用于递送goi时，样品中的空颗粒或部分填充的颗粒可影响治疗功效，并且因此可能是制造过程中不需要的副产品。然而，针对aav颗粒的空/满状态来评估样品可能是费力的、难以实施的、涉及长时间的纯化过程和/或包括将测试的样品的浪费。然而，目前缺乏评估aav颗粒的空/满状态的有效方法和适合评估粗制或未纯化样品中aav样品的空/满状态的方法。因此，需要用于有效评估含有用于基因递送的颗粒的样品的方法和系统。
技术实现思路
1、本文描述的一些实施例涉及用于分析含有用于基因递送的颗粒的样品以确定样品质量的方法、系统和装置。本公开还涉及确定具有已知比例的处于满、部分和/或空状态的基因递送颗粒的样品中的蛋白和/或na内含物，并且基于所述确定，建立na内含物与处于满状态的基因递送颗粒的比例之间的关系。本公开还涉及使用此种建立的关系来预测具有处于未知状态的基因递送颗粒的测试样品中处于满、部分和/或空状态的基因递送颗粒的比例。在一些实施方式中，所公开的实施方式可以包括产生与一个或多个样品和/或基因递送颗粒和/或样品的组合物相关联的一个或多个电子标识符。电子标识符可以与基因递送颗粒中所包括的na内含物的量和/或样品中基因递送颗粒的比例相关联，所述基因递送颗粒可以用于将感兴趣基因递送至生物环境中用于研究和/或治疗目的。
2、在一些实施例中，一种方法包括将在导电介质中含有多个病毒载体的样品引入毛细管中，所述毛细管的第一端离子耦接至具有第一ph的第一运行缓冲液，所述毛细管的第二端离子耦接至具有第二ph的第二运行缓冲液，使得沿所述毛细管形成ph梯度。所述方法包括通过在第一运行缓冲液与第二运行缓冲液之间施加电压来分离样品中的所述多个病毒载体。所述方法进一步包括在分离后，将所述多个病毒载体与选择性结合剂一起孵育，所述选择性结合剂被配置为结合至所述多个病毒载体中的病毒载体子集中所包括的核酸(na)的一部分。所述方法进一步包括检测与选择性结合剂相关联的信号，以确定(i)所述多个病毒载体中的病毒载体子集中所包括的选择性结合剂结合至的na的数量或(ii)与所述多个病毒载体中包括选择性结合剂结合至的na的病毒载体子集相关联的等电点(pi)中的至少一者。
3、在一些实施例中，一种方法包括将多个样品引入多个毛细管中，所述多个样品中的每个样品包括不同已知比例的腺相关病毒(aav)载体，所述载体包括一定量的na内含物。所述方法包括使用等电聚焦从所述多个样品中分离每个样品，并且用结合剂标记所述多个毛细管中的每个毛细管中的所述多个样品中的每个样品，所述结合剂被配置为结合至指定dna内含物的至少一部分。所述方法进一步包括检测来自所述多个样品中的每个样品的与抗体相关联的信号，并且确定来自每个样品的信号与所述样品中包括指定na内含物的aav载体的已知比例的之间的关系。
4、在一些实施例中，存储表示将由处理器执行的指令的代码的非暂时性处理器可读介质包括指令，所述指令包括使处理器接收与含有多个病毒载体的测试样品相关联的测试信号的代码，所述测试信号与所述多个病毒载体中的病毒载体的至少一个子集中所包括的dna内含物相关联。所述指令进一步包括使处理器提取测试信号的特征的代码，所述特征被配置为指示所述多个病毒载体中的病毒载体子集的dna内含物的数量。所述指令进一步包括使所述处理器将所述特征与描述以下之间关系的函数进行比较的代码：(i)从多个信号获得的已知特征，所述多个信号中的每个信号是从多个标准样品中的一个标准样品检测的，每个标准样品含有已知比例的包括指定量的dna内含物的病毒载体；以及(ii)所述多个标准样品中的每个标准样品中所含有的包括指定量的dna内含物的病毒载体的已知比例。所述指令包括使处理器基于所述比较确定包括衣壳和指定dna内含物的测试样品中所含有的所述多个病毒载体的比例的代码。
1.一种方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个病毒载体中的所述病毒载体子集包括囊封在由有机或无机材料制成的载剂组分中的所述na。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个病毒载体包括衣壳蛋白，并且所述信号是第一信号，所述方法进一步包括：
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述信号包括化学发光信号或荧光信号中的至少一者。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述检测所述信号用于确定所述多个病毒载体中所包括的且所述抗dna抗体结合至的dna的相对数量，所述方法进一步包括：
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述确定(i)所述多个病毒载体中包括所述指定dna内含物的病毒载体的所述比例或(ii)所述多个病毒载体中缺乏所述指定dna内含物的病毒载体的所述比例中的所述至少一者进一步基于将所述auc统计与已知auc统计测量值和病毒载体标准样品中包括所述指定dna内含物的全集的病毒载体的已知百分比之间的预定关系进行比较，所述病毒载体标准样品中的所述每个标准样品与所述已知auc统计测量值中的每个已知auc统计测量值相关联。
7.根据权利要求5所述的方法，其中如果所述病毒载体包括具有与靶序列的匹配度高于预定阈值的指定核苷酸序列的多核苷酸，则所述多个病毒载体中的一个病毒载体具有dna内含物的指定集。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述检测所述信号用于确定所述多个病毒载体中所包括的所述dna子集的所述相对数量，所述方法进一步包括：
9.根据权利要求1所述的方法，其还包括：
10.根据权利要求1所述的方法，其还包括：
11.根据权利要求1所述的方法，其还包括：
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述抗dna抗体是一级抗体，其进一步包括：
13.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个病毒载体包括使用慢病毒、逆转录病毒、腺病毒或细小病毒中的至少一者产生的载体。
14.一种方法，所述方法包括：
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述多个病毒载体包括衣壳蛋白，并且所述信号是第一信号，所述方法进一步包括：
16.根据权利要求15所述的方法，还包括：
17.一种方法，所述方法包括：
18.根据权利要求17所述的方法，所述方法进一步包括：
19.根据权利要求17所述的方法，其中所述结合剂是第一抗体，并且所述信号是第一信号，所述方法进一步包括：
20.根据权利要求17所述的方法，所述方法进一步包括：
21.一种存储表示将由处理器执行的指令的代码的非暂时性处理器可读介质，所述指令包括使所述处理器执行以下操作的代码：
22.根据权利要求21所述的非暂时性处理器可读介质，其中所述特征是第一特征，并且使所述处理器提取所述第一特征的代码包括使所述处理器提取所述测试信号的第二特征的代码，所述第二特征被配置为指示与所述多个病毒载体中的所述病毒载体子集中所包括的所述dna内含物相关联的等电点(pi)。
23.根据权利要求21所述的非暂时性处理器可读介质，所述指令进一步包括使所述处理器执行以下操作的代码：
24.根据权利要求21所述的非暂时性处理器可读介质，其中所述多个病毒载体的身份包括用于产生所述多个病毒载体的病毒类型的指示。
25.一种方法，所述方法包括：
26.根据权利要求25所述的方法，其中引入所述多个毛细管中的所述第一毛细管中的所述样品和引入所述多个毛细管中的所述第二毛细管中的所述样品从共同的来源获得。
27.根据权利要求25所述的方法，还包括：
28.根据权利要求22所述的方法，还包括：
