本发明属于分子生物学，涉及用于检测摩拉水牛繁殖性状的snp分子标记组合及应用。
背景技术：
1、繁殖性状是水牛经济性状的重要组成部分，提高水牛繁殖率是增加养殖业经济效益的关键环节。水牛是单胎动物，通常一胎产一犊，繁殖效率低、世代间隔长，导致种牛的培育和群体遗传改良需要很长的时间跨度。因此，提高水牛的繁殖力是新品种培育的主要目标之一。而水牛的繁殖性状表现出低到中等的遗传力，利用传统育种方法通常很难在短时间内在一个品种内进行遗传改良。因此，如何利用现代分子育种技术培育出具有优良经济性状的水牛品种具有深远意义。
2、摩拉水牛自印度引入我国经过60多年的繁育，该品种在繁殖性能、生长发育、产肉和产奶性能方面均与原产地相当。在我国南方亚热带气候环境下，具有耐热、耐粗饲、抗病力强、生长正常、适应性强等特点，与本地沼泽型水牛相比具有较好的乳肉兼用性能。用摩拉水牛与本地水牛进行杂交改良，可大幅度提高杂交后代的产肉产奶性能。
3、目前，纯种摩拉水牛饲养数量少，规模化程度较低，种质资源匮乏，大部分牛场也只是通过传统的育种方法进行选种选育，造成水牛遗传改良进展缓慢。近些年来，随着科技的飞速发展，分子标记辅助育种已成为改良遗传性状的新方法。全基因组关联分析(gwas)是一种对全基因组范围内的常见遗传变异(单核苷酸多态性和拷贝数)总体关联分析的方法，该方法以自然群体为研究对象，以长期重组后保留下来的基因(位点)间连锁不平衡(ld)为基础，将目标性状表型的多样性与基因(或标记位点)的多态性结合起来分析，可直接鉴定出与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。采用gwas技术在全基因组范围内进行研究，能够一次性对多个性状进行定位，适用于定位性状关联区间、功能基因研究、开发性状选育和功能标记等方面的研究，其得到的结果更具可靠性。该技术作为一种新的方法必将在家畜育种领域得到广泛应用。
技术实现思路
1、本发明的发明目的是，针对上述问题，提供了一种用于检测摩拉水牛繁殖性状的snp分子标记组合及应用。
2、为达到上述目的，本发明所采用的技术方案是：
3、一种用于检测摩拉水牛繁殖性状的snp分子标记组合，所述snp分子标记组合包括chr7_783387、chr19_1328487、chr4_86313、chr11_503605和chr5_174492，其中：
4、chr7_783387位于如seq id no.1所示的核苷酸序列的第51位，多态性为a或g；
5、chr19_1328487位于如seq id no.2所示的核苷酸序列的第51位，多态性为t或g；
6、chr4_86313位于如seq id no.3所示的核苷酸序列的第51位，多态性为a或g；
7、chr11_503605位于如seq id no.4所示的核苷酸序列的第51位，多态性为c或t；
8、chr5_174492位于如seq id no.5所示的核苷酸序列的第51位，多态性为a或g；
9、所述繁殖性状为初配月龄和/或产犊间隔繁殖性状。
10、本发明的另一个目的在于提供用于扩增如如上所述的snp分子标记组合的引物组。
11、进一步说明，所述的引物组，所述引物组包含forward primer和reverse primer；其中，
12、所述chr7_783387分子标记的引物组中forward primer和reverse primer引物的序列分别如核苷酸序列seq id no.6、seq id no.7所示；
13、所述chr19_1328487分子标记的引物组中forward primer和reverse primer引物的序列分别如核苷酸序列seq id no.8、seq id no.9所示；
14、所述chr4_86313分子标记的引物组中forward primer和reverse primer引物的序列分别如核苷酸序列seq id no.10、seq id no.11所示；
15、所述chr11_503605分子标记的引物组中forward primer和reverse primer引物的序列分别如核苷酸序列seq id no.12、seq id no.13所示；
16、所述chr5_174492分子标记的引物组中forward primer和reverse primer引物的序列分别如核苷酸序列seq id no.14、seq id no.15所示。
17、本发明的另一个目的在于提供一种试剂盒，包括如上述所述引物组。
18、本发明的另一个目的在于提供所述的snp分子标记组合或上述所述的引物组在摩拉水牛分子标记辅助育种中的应用。
19、本发明的另一个目的在于提供所述的snp分子标记组合或上述所述的引物组在摩拉水牛品种繁殖性状鉴定中的应用。
20、本发明的另一个目的在于提供利用分子生物学技术检测摩拉水牛基因型的方法，包括以下步骤：根据权利要求1所述的5个snp分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计扩增引物，以摩拉水牛个体dna为模板扩增，将扩增产物进行一代测序，根据测序结果对摩拉水牛个体进行基因分型，从而鉴定待测摩拉水牛个体的基因型。
21、进一步说明，所述的方法在摩拉水牛分子标记辅助育种中的应用。
22、本发明还提供一种应用上述的snp分子标记选育/辅助选育与摩拉水牛繁殖性状相关的摩拉水牛品种或品系的方法，所述方法是：
23、提取摩拉水牛的基因组dna，检测7号染色体的第783387位点的脱氧核苷酸，测出第783387位点的脱氧核苷酸为a或g，确定待测摩拉水牛的基因型是aa型、ga或gg型，据育种需求，选择aa型、ga或gg型基因的摩拉水牛进行下一步的选种和/或育种，，所述gg型基因的摩拉水牛初配月龄远低于ga和aa型；
24、提取摩拉水牛的基因组dna，检测19号染色体的第1328487位点的脱氧核苷酸，测出第1328487位点的脱氧核苷酸为t或g，确定待测摩拉水牛的基因型是tt型、gt或gg型，据育种需求，选择tt型、gt或gg型基因的摩拉水牛进行下一步的选种和/或育种，所述tt型基因的摩拉水牛产犊间隔远低于gt和gg型；
25、提取摩拉水牛的基因组dna，检测4号染色体的第86313位点的脱氧核苷酸，测出第86313位点的脱氧核苷酸为a或g，确定待测摩拉水牛的基因型是aa型、ga或gg型，据育种需求，选择aa型、ga或gg型基因的摩拉水牛进行下一步的选种和/或育种，所述aa型基因的摩拉水牛产犊间隔远低于ga和gg型；
26、提取摩拉水牛的基因组dna，检测11号染色体的第503605位点的脱氧核苷酸，测出第503605位点的脱氧核苷酸为t或c，确定待测摩拉水牛的基因型是tt型、ct或cc型，据育种需求，选择tt型、ct或cc型基因的摩拉水牛进行下一步的选种和/或育种，所述tt型基因的摩拉水牛产犊间隔远低于ct和cc型；
27、提取摩拉水牛的基因组dna，检测5号染色体的第174492位点的脱氧核苷酸，测出第174492位点的脱氧核苷酸为a或g，确定待测摩拉水牛的基因型是aa型、ga或gg型，据育种需求，选择aa型、ga或gg型基因的摩拉水牛进行下一步的选种和/或育种，所述aa型基因的摩拉水牛产犊间隔远低于ga和gg型。
28、由于采用上述技术方案，本发明具有以下有益效果：
29、本发明提供摩拉水牛繁殖性状表型相关的snp分子标记组合，可用于摩拉水牛的分子标记辅助育种，运用全基因组关联分析筛选与摩拉水牛繁殖性状显著相关的snp分子标记，可用于摩拉水牛分子标记辅助育种，加快选育良种摩拉水牛。本发明利用snp分子标记对摩拉水牛繁殖性状进行鉴定，可显著提高选择效率，缩短育种年限，降低饲养和育种成本，提高育种效率，具有广泛的应用前景。
1.一种用于检测摩拉水牛繁殖性状的snp分子标记组合，其特征在于：所述snp分子标记组合包括chr7_783387、chr19_1328487、chr4_86313、chr11_503605和chr5_174492，其中：
2.用于扩增如权利要求1所述的snp分子标记组合的引物组。
3.根据权利要求2所述的引物组，其特征在于：所述引物组包含forwardprimer和reverse primer；其中，
4.一种试剂盒，其特征在于，包括如权利要求2或3所述引物组。
5.如权利要求1所述的snp分子标记组合或权利要求2或3任一项所述的引物组在摩拉水牛分子标记辅助育种中的应用。
6.如权利要求1所述的snp分子标记组合或权利要求2或3任一项所述的引物组在摩拉水牛繁殖性状鉴定中的应用。
7.利用分子生物学技术检测摩拉水牛基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：根据权利要求1所述的5个snp分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计扩增引物，以摩拉水牛个体dna为模板扩增，将扩增产物进行一代测序，根据测序结果对摩拉水牛个体进行基因分型，从而鉴定待测摩拉水牛个体的基因型。
8.权利要求7所述的方法在摩拉水牛分子标记辅助育种中的应用。
9.一种应用权利要求1所述的snp分子标记选育/辅助选育与摩拉水牛繁殖性状相关的摩拉水牛品种或品系的方法，其特征在于，所述方法是：
