本发明属于微生物分子检测，具体涉及一种基于gtrabciii启动子-34位点多态性区分鸡白痢沙门菌标准型/变异型菌株的试剂盒。
背景技术：
1、鸡白痢是由鸡白痢沙门菌引起雏鸡和成年鸡的败血症等特征的二类传染病，可经蛋传的垂直传播和同群感染的水平传播而在鸡群中传播，因此给该病的防控带来了重大挑战。目前因市面上没有商品化的疫苗用于防控此病，因此需要定期地对种鸡及鸡胚进行检测、及时淘汰阳性鸡，有效地阻断传播途径是控制该病的主要手段。
2、而因鸡白痢沙门菌o12抗原的结构差异，又分为标准型变异型和中间型3种血清亚型。yaunine首次发现用通常菌种制造的抗原不能检出正在流行的鸡白痢这种现象，经byrne、gwatkin、edward等国外学者证实是因为感染的菌存在o12抗原变异所引起。因此在检测鸡白痢的流行时，需要对鸡白痢沙门菌进行不同亚型的鉴别，才能更好地防控鸡白痢。如我国目前中国市场上使用的鸡白痢禽伤寒多价染色抗原是用1株标准型菌株和1株变异型菌株按1：1制备而成。然而，目前的检测方法主要为血清分型和细菌的形态特征分型两种，前者需要制备变异型血清和标准型血清区分鸡白痢沙门菌的变异型和标准型，并需要与待检测鸡白痢沙门菌凝集抗原的凝集状态进行判定，对阳性血清的要求极高；后者需要对菌落的形态进行观察，如粗糙型或粘液型，判定较为主观或区分不开。因此亟需建立用于快速区分鸡白痢沙门菌标准型和变异型的检测方法。
技术实现思路
1、本发明的目的在于提供一种基于gtrabciii启动子-34位点多态性区分鸡白痢沙门菌标准型/变异型菌株的试剂盒，其技术原理是gtrabciii启动子-34位点的c/a核苷酸突变改变了其与oxyr蛋白的结合能力，gtrabciii基因过表达是形成鸡白痢沙门菌变异型的主要原因，根据标准型和变异型菌株在gtrabciii启动子-34位点的多态性，设计用于扩增含有gtrabciii启动子-34位c/a突变位点的pcr引物，根据被检菌株gtrabciii启动子-34位点核苷酸的差异判断被检菌株为标准型或变异型，检测反应灵敏度高、准确性强，摆脱了传统血清学鉴定方法敏感性低、主观性强的问题。
2、为了实现上述目的，本发明采取以下技术措施：
3、一种检测鸡白痢沙门菌标准型/变异型菌株的试剂盒，所述试剂盒含有用于检测鸡白痢沙门菌gtrabciii启动子-34位点核苷酸的试剂。进一步地，所述试剂盒包括用于扩增含有gtrabciii启动子-34位点核苷酸的引物，还包括pcr反应液、阳性对照及阴性对照，所述的阳性对照为鸡白痢沙门菌标准型菌株标准品和鸡白痢沙门菌变异型菌株标准品，所述的阴性对照为ddh2o。
4、优选地，用于扩增含有gtrabciii启动子区-34位点核苷酸的引物的序列如seq idno.1和2所示。
5、优选地，所述鸡白痢沙门菌标准型菌株标准品为cvcc519，所述鸡白痢沙门菌变异型菌株标准品为cvcc529。
6、一种用于检测鸡白痢沙门菌标准型/变异型菌株的的方法，包括根据鸡白痢沙门菌gtrabciii启动子区-34位点的核苷酸类型判断标准型或变异型，所述位点的核苷酸为c，判定为鸡白痢沙门菌标准型，所述位点的核苷酸为a，判定为鸡白痢沙门菌变异型。具体地，包括以下方法：
7、(1)提取被检鸡白痢沙门菌的dna作为模板，以seq id no.1和2所示引物扩增含有gtrabciii启动子-34位点核苷酸的片段；
8、(2)结果判断：
9、质控标准：阴性对照：无电泳条带；阳性对照：pcr扩增产物电泳均有469bp左右的目的条带。
10、判定结果：检测gtrabciii启动子序列第-34位点的核苷酸，如被检菌株gtrabciii启动子-34位点核苷酸为a，判定为鸡白痢沙门菌变异型；gtrabciii的启动子序列的第-34位是c，判定为鸡白痢沙门菌标准型。
11、本发明与现有技术相比，具有以下优点和效果：
12、现有技术主要依赖血清区分鸡白痢沙门菌的亚型，结果判定以肉眼观察为主，结果判断的主观性强，容易出现误差。目前没有能快速、灵敏且准确的检测方法与标准。本发明基于前期鸡白痢沙门菌标准型与变异型菌株中gtrabciii基因表达量的差异，发现gtrabciii启动子-34位点由c突变成a导致oxyr蛋白对gtrabciii启动子的转录抑制作用减弱，引起gtrabciii基因上调表达，从而解释了鸡白痢沙门菌gtrabciii基因过表达是形成鸡白痢沙门菌变异型的主要原因，并运用该突变位点开发了一种用于区分鸡白痢沙门菌标准型和变异型的试剂盒，检测反应灵敏度高、准确性强，结果判定标准明确，且检测过程快速、高效，摆脱了传统血清学鉴定方法敏感性低、主观性强的问题。
1.一种检测鸡白痢沙门菌标准型/变异型菌株的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有用于检测鸡白痢沙门菌gtrabciii启动子-34位点核苷酸的试剂。
2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，包括用于扩增含有gtrabciii启动子区-34位点核苷酸的引物。
3.根据权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述引物的序列如seq id no.1和2所示。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的试剂盒，其特征在于，还包括pcr反应液、阳性对照及阴性对照，所述的阳性对照为鸡白痢沙门菌标准型菌株标准品和鸡白痢沙门菌变异型菌株标准品，所述的阴性对照为ddh2o。
5.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述鸡白痢沙门菌标准型菌株标准品为cvcc519，所述鸡白痢沙门菌变异型菌株标准品为cvcc529。
6.一种用于检测鸡白痢沙门菌标准型/变异型菌株的的方法，其特征在于，包括根据鸡白痢沙门菌gtrabciii启动子区-34位点的核苷酸类型判断标准型或变异型，所述位点的核苷酸为c，判定为鸡白痢沙门菌标准型，所述位点的核苷酸为a，判定为鸡白痢沙门菌变异型。
