本公开一般涉及用于在测序期间进行模板捕获和扩增的策略。
背景技术：
1、生物样品中存在的分析物(诸如核酸序列)的检测已被用作鉴定和分类微生物、诊断传染病、检测和表征遗传异常、鉴定与癌症相关联的遗传变化、研究对疾病的遗传易感性，以及测量对各种类型的治疗的反应的方法。用于检测生物样品中的分析物(诸如核酸序列)的常用技术是核酸测序。
2、生物分子研究的进展部分地由用于表征分子或其生物反应的技术的改进引起。特别地，核酸dna和rna研究得益于对用于序列分析的技术的开发。
3、核酸扩增方法是已知的，该方法允许将扩增产物固定在固体载体上，以便形成由簇或“集落”构成的阵列，该簇或“集落”由多个相同的固定多核苷酸链和多个相同的固定互补链形成。根据这些方法制备的簇阵列上的dna集落中存在的核酸分子可提供用于测序反应的模板。
4、用于对多核苷酸模板进行测序的一种方法涉及使用dna聚合酶进行多个延伸反应以将标记的核苷酸连续掺入模板链。在此类“合成测序”反应中，通过连续掺入与模板链互补的单独核苷酸在5’至3’方向上构建与模板链碱基成对的新核苷酸链。
技术实现思路
1、在本公开的一个方面，提供了一种用于测序的固体载体，所述固体载体包含多个适于捕获模板的捕获部分和多个成簇引物；其中所述捕获部分与所述成簇引物正交。
2、在本公开的另一个方面中，提供了一种包含多个模板的核苷酸模板文库，其中所述模板包含插入序列和衔接子区域；其中每个衔接子区域包含成簇引物和互补捕获部分，其中所述成簇引物和所述互补捕获部分是正交的。
3、在本公开的另一个方面，提供了一种正交捕获片段，所述正交捕获片段包含：
4、与模板上的引物结合序列基本上互补的第一引物结合序列(任选地，其中所述第一引物结合序列是seq id no:1或其变体；或seq id no:3或其变体)；
5、互补捕获部分，其中所述互补捕获部分可任选地与本文所定义的捕获部分互补；以及
6、在所述第一引物结合序列和所述互补捕获部分之间的接头，其中
7、所述接头能够任选地是peg接头；
8、其中所述互补捕获部分与所述第一引物结合序列正交。
9、在本公开的另一个方面，提供了一种对靶核苷酸进行测序的方法，其中所述方法包括制备包含如本文所定义的模板的双链文库的步骤。
1.一种用于测序的固体载体，所述固体载体包含多个适于捕获模板的捕获部分和多个成簇引物；其中所述捕获部分与所述成簇引物正交。
2.根据权利要求1所述的固体载体，其中捕获部分:成簇引物的比率为约1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9、1:10、1:15、1:20、1:25、1:30、1:35、1:40、1:45、1:50、1:55、1:60、1:65、1:70、1:75、1:80、1:85、1:90、1:95、1:100、1:110、1:120、1:130、1:140、1:150、1:160、1:170、1:180、1:190、1:200、1:220、1:240、1:260、1:280、1:300、1:320、1:340、1:360、1:380、1:400、1:420、1:440、1:460、
3.根据任一前述权利要求所述的固体载体，其中所述成簇引物包含p5引物和p7引物；任选地，其中所述p5引物包含含有seq id no:1或其变体的序列；并且/或者其中所述p7引物包含含有seq id no:3或其变体的序列。
4.根据任一前述权利要求所述的固体载体，其中所述捕获部分包含寡核苷酸接种序列。
5.根据任一前述权利要求所述的固体载体，其中所述寡核苷酸接种序列包含介于10个和30个之间的核苷酸或介于20个和30个之间的核苷酸。
6.根据权利要求5所述的固体载体，其中所述寡核苷酸接种序列包含含有seq id no:7或其变体的序列；或包含含有seq id no:8或其变体、seq id no:10或其变体、seq id no:12或其变体、seq id no:14或其变体或seq id no:16或其变体的序列。
7.根据权利要求1至3中任一项所述的固体载体，其中所述捕获部分是非核苷酸，并且所述捕获部分通过非共价相互作用或通过共价相互作用与模板结合。
8.根据权利要求6所述的固体载体，其中所述捕获部分通过非共价相互作用(包括分子识别，诸如离子键合、氢键合、疏水相互作用、范德瓦尔斯相互作用和/或π-π相互作用)和/或主体-客体相互作用(包括葫芦脲与金刚烷(例如1-金刚烷基胺)、铵离子(例如氨基酸)、二茂铁；环糊精与金刚烷(例如1-金刚烷基胺)、铵离子(例如氨基酸)、二茂铁；杯芳烃与金刚烷(例如1-金刚烷基胺)、铵离子(例如氨基酸)、二茂铁；冠醚(例如18-冠-6、15-冠-5、12-冠-4)或穴状配体(例如[2.2.2]穴状配体)与阳离子(例如金属阳离子、铵离子)；抗生物素蛋白(例如链霉亲和素)和生物素；以及抗体和半抗原之间形成的相互作用)与模板结合。
9.根据权利要求8所述的固体载体，其中所述捕获部分通过抗生物素蛋白(例如链霉亲和素)和生物素相互作用与模板结合。
10.根据权利要求7中任一项所述的固体载体，其中所述捕获部分通过共价相互作用与模板结合，其中所述共价相互作用能够是可逆的或不可逆的。
11.根据权利要求10所述的固体载体，其中所述共价相互作用选自亚烷基键；亚烯基键；亚炔基键；醚键，诸如乙二醇、丙二醇、聚乙二醇；胺键；酯键；酰胺键；碳环或杂环键；硫基键，诸如硫醚、二硫化物、多硫化物或亚砜键；缩醛；半缩醛胺醚；缩醛胺；亚胺；腙；硼基键，诸如硼酸和次硼酸/酯；硅基键，诸如甲硅烷基醚、硅氧烷；以及磷基键，诸如亚磷酸酯、磷酸酯。
12.根据任一前述权利要求所述的固体载体，其中所述固体载体是流动池，并且其中所述流动池包含多个纳米孔。
13.根据权利要求1至11中任一项所述的固体载体，其中所述固体载体是微珠。
14.根据权利要求12或权利要求13所述的固体载体，其中每个纳米孔或微珠平均包含约1个至5000个捕获部分；优选约1个至2500个、1个至1000个、1个至625个、1个至500个、1个至300个、1个至200个、1个至156个、1个至100个、1个至80个、10个至80个、
15.根据权利要求12或13所述的固体载体，其中每个纳米孔或微珠平均包含高于约5000个成簇引物；优选高于6000个、7000个、8000个、
16.一种包含多个模板的核苷酸模板文库，其中所述模板包含插入序列和衔接子区域；其中每个衔接子区域包含成簇引物和互补捕获部分，其中所述成簇引物和所述互补捕获部分是正交的。
17.根据权利要求16所述的核苷酸模板文库，其中在所述成簇引物和所述互补捕获部分之间提供间隔子区。
18.根据权利要求17所述的核苷酸模板文库，其中所述间隔子区是接头，其中所述接头能够任选地是peg接头。
19.根据权利要求16至18中任一项所述的核苷酸模板文库，其中所述模板包含p5’引物和p7’引物；任选地，其中所述p5’引物包含含有seqid no:2或其变体的序列；并且/或者其中所述p7’引物包含含有seqid no:4或其变体的序列。
20.根据权利要求16至19中任一项所述的核苷酸模板文库，其中所述互补捕获部分与如权利要求4至11中任一项中所定义的捕获部分互补。
21.根据权利要求16至20中任一项所述的核苷酸模板文库，其中所述文库是双链文库。
22.根据权利要求16至21中任一项所述的核苷酸模板文库，其中所述模板还包含索引序列(例如i5)、第一测序结合位点(例如sbs3)、第二测序结合位点(例如sbs12)和/或第二索引序列(例如i7)；
23.一种正交捕获片段，所述正交捕获片段包括：
24.一种对靶核苷酸进行测序的方法，其中所述方法包括制备包含如权利要求16至23中任一项中所定义的模板的双链文库的步骤。
25.根据权利要求24所述的方法，其中将所述双链文库应用于根据权利要求1至15中任一项所述的固体载体表面；其中所述模板上的所述互补捕获部分被所述载体表面上的所述捕获部分捕获，使得所述模板文库被接种。
