一种实时荧光定量PCR快速检测gRNA表达量的方法与流程

专利检索2025-06-19  9


本发明涉及生物,具体涉及一种实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法。


背景技术:

1、grna是一种非编码rna,它在细胞内只起到特定基因组编辑的作用,而不参与蛋白质的翻译过程。因此,传统的蛋白质表达分析方法如western blot或elisa并不适用于grna的定量检测。

2、实时荧光定量pcr(quantitative real-time pcr)是一种在dna扩增反应中,以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(pcr)循环后产物总量的方法。它可以从复杂的样品中检测出微量的目标核酸,具有灵敏度高、特异性好、定量准确、快速简便及高通量等特点。如今,实时荧光定量pcr在动植物研究中具有广泛的应用前景,实时荧光定量 pcr 技术是定量 pcr 技术的一次飞跃,自建立以来, 发展迅速,应用 广泛, 表明其具有强大的生命力。由于其特异性好,精确性高,操作简便,检测时间短,误差小以及自动化程度高等优点,已成为分子实验室必备的检测手段,广泛用于分子生物学和植物研究等领域。

3、实时荧光定量pcr可以对mrna、mirna、lncrna、circrna进行表达量的检测,但现有技术对grna表达量的检测不够成熟,误差较大,结果不准确,为解决这一问题,现在常规的手段是在pcr前添加逆转录的步骤,并命名为rt-pcr(逆转录聚合酶链反应),它可以将rna转录成相应的cdna,并利用pcr扩增grna的序列,再通过比较pcr扩增产物的强度或定量pcr的方法,可以初步评估grna的表达量,但是还存在着以下几点缺陷:

4、由于grna的序列通常与基因组中的多个区域具有高度的同源性,因此选择特异引物用于grna的逆转录和扩增较为困难,这会导致引物在非目标序列上的结合和扩增,引起假阳性结果。grna是一种相对较短的rna分子,其结构和序列特点与mrna不同。由于grna通常具有某种特定的结构,如二级结构、片段互补等,逆转录过程中可能遇到技术上的挑战,特别是在使用常规的逆转录酶和引物时,可能会出现逆转录效率低下或者不稳定的情况。与检测其他rna分子不同,grna的表达水平通常难以定量。由于grna在细胞内往往以非常低的丰度存在,并且缺乏特定的参考基因用于标准化,因此对grna的定量结果可能具有较大的误差。


技术实现思路

1、有鉴于此,本发明提供一种实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,能够快速实时的对grna的表达量进行检测,具有特异性高、敏感度高以及准确的定量结果等优势。

2、本发明提供一种实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,包括对总rna中目标基因grna和内参基因的逆转录,其特征在于,在目标基因grna的逆转录反应体系中额外添加特异性逆转录引物。

3、本发明针对目标基因grna序列的特异性,在逆转录反应体系的引物上添加有一段特异性识别的序列,这个特异性逆转录引物具有与grna互补的序列,其中一部分与目标grna序列互补,形成一个稳定的链接位点,另一部分为互补的部分在接下来的循环中可以重复出现;后续逆转录反应会结合这个特异性逆转录引物和grna,通过逆转录酶的作用将其转录为cdna,逆转录后,使用pcr方法扩增目标grna的cdna。特异性逆转录引物的序列会保证只有目标grna的cdna被扩增,具有较高的特异性,减少其他具有同源性的逆转录与扩增,从而防止假阳性结果的出现。

4、进一步的,所述特异性逆转录引物的核苷酸序列为grna scaffold序列以及grna的部分反向互补序列。

5、进一步的,所述grna scaffold序列如seq id no.1所示。

6、进一步的,包含以下步骤:

7、s1、提取样品总rna;

8、s2、总rna的逆转录,对目标基因grna逆转录引物的设计以及对内参基因逆转录引物的设计,将目标基因grna和内参基因分别进行逆转录,得到两份cdna;

9、s3、目标基因及内参基因的扩增及实时荧光定量检测,使用sybr染料法分别对目标基因grna靶点位置和内参基因进行特异性扩增,然后通过荧光信号采集进行qpcr检测。

10、进一步的,所述grna的部分反向互补序列位于grna的 3’端,碱基数量为6个。

11、进一步的,所述内参基因为snrna u6内参基因,所述内参基因的逆转录引物为3’端选18-25nt序列长度的反向互补序列。

12、进一步的,所述s3中目标基因的qpcr上游引物的核苷酸序列为5’端连接靶点核苷酸序列以及grna骨架核苷酸序列,如seq id no.2所示,tm值为60°c,引物长度为18~25bp。

13、进一步的,所述s3中目标基因的qpcr下游引物的核苷酸序列为grna scaffold的部分序列,如seq id no.3所示。

14、进一步的,所述s3中内参基因的qpcr上游引物为5’端选取17-28nt序列,所述内参基因的qpcr下游引物为5’端选取17-28nt序列长度的反向互补序列。

15、进一步的,所述内参基因的下游引物核苷酸序列中gc含量为40%~60%,tm值为56-60℃。

16、综上所述,本申请与现有技术相比至少具有以下一种有益技术效果:

17、本发明可以直接利用实时荧光定量pcr的方法来检测grna表达量,其特异性好,精确性高,操作简便,检测时间短,误差小以及自动化程度高。并且为grna表达量的检测提供新思路。



技术特征:

1.一种实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,包括对总rna中目标基因grna和内参基因的逆转录,其特征在于,在目标基因grna的逆转录反应体系中额外添加特异性逆转录引物,所述特异性逆转录引物的核苷酸序列为grna scaffold序列以及grna的部分反向互补序列。

2.如权利要求1所述的实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,其特征在于:所述grna scaffold序列如seq id no.1所示。

3.如权利要求1所述的实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,其特征在于,包含以下步骤:

4.如权利要求3所述的实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,其特征在于:所述grna的部分反向互补序列位于grna的 3’端,碱基数量为6个,所述部分反向互补序列的核苷酸序列如seq id no.2。

5.如权利要求1所述的实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,其特征在于:所述内参基因为snrna u6内参基因,所述内参基因的逆转录引物为3’端选18-25nt序列长度的反向互补序列。

6.如权利要求1所述的实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,其特征在于:所述s3中目标基因的qpcr上游引物的核苷酸序列为5’端连接靶点核苷酸序列以及grna骨架核苷酸序列,如seq id no.3所示,tm值为60°c,引物长度为18~25bp。

7.如权利要求1所述的实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,其特征在于:所述s3中目标基因的qpcr下游引物的核苷酸序列为grna scaffold的部分序列,如seq idno.4所示。

8.如权利要求1所述的实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,其特征在于:所述s3中内参基因的qpcr上游引物为5’端选取17-28nt序列,所述内参基因的qpcr下游引物为5’端选取17-28nt序列长度的反向互补序列。

9.如权利要求1所述的实时荧光定量pcr快速检测grna表达量的方法,其特征在于,所述内参基因的下游引物核苷酸序列中gc含量为40%~60%,tm值为56-60℃。


技术总结
本发明提供一种实时荧光定量PCR快速检测gRNA表达量的方法,属于生物技术领域,包括对总RNA中目标基因gRNA和内参基因的逆转录,其特征在于,在目标基因gRNA的逆转录反应体系中额外添加特异性逆转录引物,特异性逆转录引物具有与gRNA互补的序列,其中一部分与目标gRNA序列互补,形成一个稳定的链接位点,另一不为互补的部分在接下来的循环中可以重复出现;后续逆转录反应会结合这个特异性逆转录引物和gRNA,本发明能够快速实时的对gRNA的表达量进行检测,具有特异性高、敏感度高以及准确的定量结果等优势。

技术研发人员:郭瑞芳,苗娟,李阳,刘震,金杰,石育钦,郑义
受保护的技术使用者:武汉伯大生物科技有限公司
技术研发日:
技术公布日:2024/5/29
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