本申请属于生物,具体涉及一种增强子的转录活性的鉴定方法及其在食管癌检测和治疗中的应用。
背景技术:
1、食管癌按照组织类型分类,食管癌主要分为食管鳞状细胞癌和食管腺癌,食管鳞癌占食管癌的主要类别。食管鳞癌在亚洲尤其是我国地区高发,死亡率位于我国恶性肿瘤第四位,严重威胁我国人民健康和生命。由于早期患者缺乏典型的临床症状和体征,大多数患者就诊时已达肿瘤中晚期,导致食管癌患者的总体预后较差。目前,在临床上食管鳞癌仍缺乏有效的靶向治疗药物。
2、tp63是鳞状上皮的谱系特异性转录因子,不仅调控鳞状上皮细胞的分化和增殖,还作为超级增强子关联基因促进鳞状细胞癌的生长。已有研究了tp63是食管鳞癌依赖性超级增强子关联癌基因,与sox2/klf5协同作用通过结合在超级增强子区调控下游多个癌基因的表达;同时tp63的表达受其超级增强子与启动子自我调控环路的控制。激活的超级增强子可以被rnapii结合,被转录产生增强子rna(erna);erna的表达水平可以反映超级增强子的活性,并协同超级增强子激活转录,未来极有可能作为一种癌变检测和精准治疗指标。近年来以rna为靶点的靶向治疗已成为世界科技前沿的热点,也是未来极具潜力的发展方向。
3、但目前暂未有tp63基因超级增强子功能元件在食管癌检测和精准治疗中的相关报道与应用。
技术实现思路
1、基于此,本申请一实施例提供一种增强子的转录活性的鉴定方法及其在食管癌检测和治疗中的应用。
2、本申请一方面提供一种tp63基因超级增强子功能元件转录增强活性的鉴定方法,以食管鳞癌te5的全基因组dna为模板,进行pcr扩增,制备tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8;
3、重组所述tp63基因超级增强子功能元件e2、所述tp63基因超级增强子功能元件e7或所述tp63基因超级增强子功能元件e8与所述pgl3启动子的线性化载体;以及,将所得重组产物转入感受态细胞中,鉴定;
4、所述tp63基因超级增强子功能元件e2的核苷酸序列如seq idn o.1所示;
5、所述tp63基因超级增强子功能元件e7的核苷酸序列如seq id no.2所示;
6、所述tp63基因超级增强子功能元件e8的核苷酸序列如seq id no.3所示。
7、在其中一个实施例中,转录活性的鉴定包括鉴定tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8序列的中的一个或多个。
8、本申请还提供检测tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8转录水平的试剂在制备食管鳞癌诊断产品中的应用;
9、所述tp63基因超级增强子功能元件e2的核苷酸序列如seq id no.1所示;
10、所述tp63基因超级增强子功能元件e7的核苷酸序列如seq id no.2所示;
11、所述tp63基因超级增强子功能元件e8的核苷酸序列如seq id no.3所示。
12、本申请另一方面提供抑制tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8转录的试剂在制备治疗食管鳞癌药物中的应用;
13、所述tp63基因超级增强子功能元件e2的核苷酸序列如seq id no.1所示;
14、所述tp63基因超级增强子功能元件e7的核苷酸序列如seq id no.2所示;
15、所述tp63基因超级增强子功能元件e8的核苷酸序列如seq id no.3所示。
16、本申请还提供一种检测食管鳞癌的试剂盒,所述试剂盒包括检测tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7和tp63基因超级增强子功能元件e8转录水平中的一种或多种的引物对。
17、在其中一个实施例中,所述引物对的序列包括:
18、检测tp63基因超级增强子功能元件e2的引物对seq id no.20~seq id no.21;
19、检测tp63基因超级增强子功能元件e7的引物对seq id no.22~seq id no.23;
20、检测tp63基因超级增强子功能元件e8的引物对seq id no.24~seq idno.25;
21、在其中一个实施例中,所述试剂盒还包括阴性对照、阳性对照和质控品中的一种或多种;
22、可选地,所述试剂盒还包括taq dna聚合酶、dntps和mg2+试剂中的一种或多种。
23、本申请还提供一种治疗食管鳞癌的药物,其活性成分包括抑制tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8转录的试剂。
24、在其中一个实施例中,还包括药学上可以接受的辅料;
25、可选地,所述辅料选自稀释剂、粘合剂、崩解剂、润滑剂和湿润剂中的一种或多种。
26、在其中一个实施例中,所述药物的剂型为片剂、胶囊、颗粒、丸剂、注射剂和缓释制剂中的一种或多种。
27、本申请通过研究发现tp63是食管鳞癌超级增强子的关联基因,即tp63是食管鳞癌驱动性转录因子,通过超级增强子调控下游多个癌基因包括其自身的表达。同时本申请基于功能和作用机制的研究,检测出三个调控tp63表达的超级增强子功能元件(e2、e7和e8),敲除其中任一元件均显著降低tp63的mrna和蛋白表达水平,同时有效抑制肿瘤细胞增殖。基于以上研究,本申请提供检测tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8转录水平的试剂在制备食管鳞癌诊断产品中的应用,从而有效提升检测的特异性。
28、进一步地,本申请还提供抑制tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7 或tp63基因超级增强子功能元件e8转录的试剂应用于制备治疗食管鳞癌药物,能够有效抑制食管鳞癌的疾病发展。
1.一种tp63基因超级增强子功能元件转录增强活性的鉴定方法,其特征在于,以食管鳞癌te5的全基因组dna为模板,进行pcr扩增,制备tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8;
2.根据权利要求1所述的鉴定方法,其特征在于,转录活性的鉴定包括鉴定tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8中的一种或多种。
3.检测tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7 或tp63基因超级增强子功能元件e8转录水平的试剂在制备食管鳞癌诊断产品中的应用;
4.抑制tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8转录的试剂在制备治疗食管鳞癌药物中的应用;
5.一种检测食管鳞癌的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括检测tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7和tp63基因超级增强子功能元件e8转录水平中的一种或多种的引物对。
6.根据权利要求5所述的检测食管鳞癌的试剂盒,其特征在于,所述引物对的序列包括:
7.根据权利要求5所述的检测食管鳞癌的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括阴性对照、阳性对照和质控品中的一种或多种;
8.一种治疗食管鳞癌的药物,其特征在于,其活性成分包括抑制tp63基因超级增强子功能元件e2、tp63基因超级增强子功能元件e7或tp63基因超级增强子功能元件e8转录的试剂。
9.根据权利要求8所述的药物,其特征在于,还包括药学上可以接受的辅料;
10.根据权利要求8所述的药物,其特征在于,所述药物的剂型为片剂、胶囊、颗粒、丸剂、注射剂和缓释制剂中的一种或多种。